Bununla birlikte tüp bebek yöntemindeki yeni gelişmeler sayesinde, embriyolar gebelik elde edilmeden önce kromozom bozuklukları açısından incelenebilmektedir. Kromozom bozukluklarının gebelik oluşmadan önce test edilerek sağlıklı embriyoların transfer edilmesi işlemine “implantasyon öncesi genetik tanı” veya “preimplantasyon genetik tanı (PGT)” adı verilir. PGT’nin günlük kullanımı ile ailenin taşıyıcı olduğu kromozomal anormallikleri embriyo aşamasında belirlenebilmekte ve sağlıklı çocukların doğması sağlanabilmektedir. Ek olarak kromozom anomalilerinin, tekrarlayan implantasyon başarısızlığı, anomalili fetüs öyküsü olan ailelerde de sağlıklı ve başarılı gebelikler sağlanabilmektedir.

PGT işlemi günümüzde yaygın olarak FISH (Fluorescence In Situ Hybridisation) yöntemiyle yapılmaktadır. FISH yönteminde kromozomlara özel olarak hazırlanmış olan ve ‘flöresan problar’ diye adlandırılan doğal renklerdeki belirleyici sistemler kullanılmaktadır. Yapılan biyopsi sonucu embriyodan alınan hücrelerin kromozomlarına bu flöresan probların bağlanmasından sonra bu hücrelerden alınan sinyaller mikroskop aracılığıyla incelenip kromozom sayıları hakkında bilgi edinilmektedir. FISH yönteminde kullanılabilen ayrı renklerdeki probların fazla sayıda olmaması ve her bir veya bir kaç işaretlemenin belirli bir süre alması nedeniyle bu yöntemle incelenebilen kromozom sayısı sınırlı olmaktadır. Ayrıca FISH yönteminde kromozomlara ait sinyallerinin üst üste gelmesi bu yöntemin diğer bir dezavantajıdır.
Embriyolarda tüm kromozomların incelenebilmesi için çeşitli yöntemler kullanılmaktadır. İlk defa 1996 yılında blastomerlerde uygulanan Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyon (Comparative Genomic Hybridization – CGH) yöntemi, hücrenin bütün kromozomlarının incelenebilmesini sağlamaktadır. CGH yöntemi, FISH yöntemiyle karşılaştırıldığı zaman birçok avantaja sahiptir. Bütün kromozom sayılarının incelenebilmesine ek olarak, bir kromozom için birçok belirleyicinin kullanılması FISH yöntemiyle belirlenemeyecek kadar küçük ancak önemli olabilecek birçok bozukluğun (kromozom üzerindeki küçük kayıplar; delesyon veya artışlar; duplikasyon gibi) belirlenebilmesine imkân tanımaktadır. Yapılan çalışmalar CGH yöntemiyle belirlenen kromozom bozukluklarının %20-40’nın FISH yöntemiyle belirlenemeyeceğini ortaya çıkarmıştır. Ayrıca teknik olarak uygulamanın kolay olması ve her evredeki hücrelere uygulanabilmesi yöntemin diğer avantajları arasındadır.
CGH yönteminin preimplantasyon genetik tanıda kullanılmasının önündeki en büyük engel, yöntemin süresinin uzun olmasından dolayı (4-5 gün) IVF işleminin süresine uymamasıdır. Ancak bu sorunda, yumurtaların ilk toplandıkları gün, kutup cisimciklerinin incelenmesi ile veya biyopsi yapılan embriyonun sonuçlar elde edilene kadar dondurulması ve sonrasında transfer edilmesi ile giderilebilmektedir.